12 Haziran 1890'de Viyana, Avusturya'da doğdu. Annesi, zengin bir banker ailenin kızı, babası ise bir demiryolu istasyonunun yöneticisiydi. Yaşadıkları küçük kasabada (Tulin) ilkokul bulunmadığı için, ilkokulu dayısının ve teyzelerinin yanında; önce Krems, sonra Klosterneuburg kentlerinde okudu. Yazları ziyaret ettiği ailesi arasında kızkardeşi ile (bazı biyografilerde ensest ilişki olarak yorumlanan) büyük bir yakınlık bulunmaktaydı. Egon 14 yaşındayken babası aklı dengesini kaybetti ve ertesi yıl öldü. Ekonomik bir kriz yaşayan annesi, oğlunu Viyana'da yaşayan ağabisinin yanına, bankerlik öğrenmesi için gönderdi.

Egon ve Edith Schiele, müstakbel çocukları ile

Yıllardır annesinin desteği ile resim yapmaya alışmış ve bunu seven Egon, dayısının tüm itirazlarına rağmen Gustav Klimt'in devam etmiş olduğu Vienna Güzel Sanatlar ve Zanaat Okuluna başvurdu; buradan reddedilerek, daha geleneksel bir sanat eğitimi veren Güzel Sanatlar Akademisine refere edildi. Akademinin giriş sınavlarını büyük başarıyla kazandı ve 1906 yılında, 16 yaşında, akademi öğrencisi oldu. Hemen ertesi yıl hayranı olduğu Klimt'i ziyaret ederek yaptığı eserleri gösterdi. Klimt, genç sanatçıdaki büyük yeteneği görerek onu desteklemeye başladı. Desenlerini satın aldı, sponsorlarla tanıştırdı, evindeki toplantılara davet etti ve Sezession grubuna bağlı sanat atölyesi olan Wiener Werkstütte ile tanıştırdı. Schiele, kıyafet ve ayakkabı tasarımından kartpostala kadar çok çeşitte ürün çıkardıktan sonra 1908 yılında; Klosterneuberg'de ilk grup sergisini açtı.

1909 yılında 3. sınıfı bitirdikten sonra Akademi'yi bıraktı ve kendi stüdyosunu açtı. Bazı biyografilere göre bu dönemde pornografi kolleksiyoncuları için ürünler yaratarak geçimini sağladı. Atölyesine sık sık ve serbestçe gelen küçük çocukların erotik olan ve olmayan resimlerini yaptı. Bu nedenle 1912 yılında tutuklandı ve bir ay hapis yattıktan sonra serbest bırakıldı.

1915 yılında Viyana'nın Galerie Arnot galerisinde açtığı ilk kişisel sergisi için hazırladığı posterde kendini St. Sebastian olarak göstermiş olması ve gösteriş şekli; narsizm, teşhircilik ve kınanma duygularıyla savaştığının; bu savaşı kaybetmeye başladığının işareti olarak gösterilir. Gene 1915 yılında stüdyosunun karşısındaki evde oturan Edith ve Adele isimli iki kardeşle tanıştı. İkisi ile de yaşanan bir flört döneminden sonra, Edith ile (ailelerinin itirazına rağmen) evlendi. Evlendikten 4 gün sonra askere çağırıldı.

 

Eduard Kosmack'ın portresi, Egon Schiele

Savaş alanından ve savaşın yarattığı yokluklardan uzak geçen bir askerlik dönemi yaşayan sanatçı, savaşa rağmen, Avusturya'nin önemli ressamlarından biri olarak ün yapmaya devam etti. Avusturya'nin, savaştaki tarafsızlıklarını koruyan İskandinav ülkeleri önündeki imajını geliştirmek için devlet tarafından düzenlenen resim sergisinde eserlerini sergilemesi istendi. 1918 yılında gerçekleşen Sezession'un 49. sergisinde baş ressam olması önerildi. Duyuru posterinde kendisini son akşam yemeğini yiyen İsa olarak resmettiği sergi, savaşa rağmen büyük başarı kazandı. Shiele'nin desenlerinin fiyatı kat kat arttı ve sayısız portre komisyonu aldı. Edith ile birlikte daha lüks bir atölyeye taşındılar, ancak mutluluk kısa sürdü. 19 Ekim 1918'de Edith, karnında taşıdığı bebek ile birlikte hayata veda etti. Karısının ve çocuğunun ölümüne sebep olan İspanyol gribine yenik düşen Schiele de 31 Ekim 1918'de vefat etti.

Birçok eleştirmene göre kendi özgün stilini tam olarak geliştiremeden, henüz 28 yaşındayken ölmüştür.